EPISODIO 11

TITOLO: Nell'oscurità immobile - The day Tokyo-3 stood still

Alla Nerv, inizia un test di funzionamento dell'Eva-00: mentre questo test è in corso, salta la corrente in tutta la base. Misato resta chiusa nell'ascensore insieme a Kaji, e in tutta la base inizia a diffondersi il panico, perché quelle cose non dovrebbero accadere. Intanto, i tre children si stanno recando alla base della Nerv. Le tessere magnetiche non funzionano, per il black out, ma Asuka non lo sa, e combina uno dei suoi soliti scompigli. I tre finiscono per perdersi nei cunicoli antecedenti al Geo Front, e mentre camminano alla cieca, Shinji chiede ad Asuka perché, secondo lei, loro devono combattere proprio contro i messaggeri di Dio. Asuka ribatte che lui è un idiota. Alla fine giungono sul terrazzo del palazzo antestante la Nerv. Lì si accorgono di che cosa sia a provocare il black out: si tratta di un altro Angelo! Anche alla Nerv se ne erano accorti, e appena i ragazzi riescono ad entrare nel Geo Front, cercano di calarli negli Eva. A forza riescono a togliere tutti gli ancoraggi che legano gli Eva, e i tre ragazzi sono costretti a salire "manualmente" in superficie. Gli Eva hanno tre minuti per distruggere l'Angelo: ed è solo grazie ad una geniale idea di Asuka che l'Angelo viene sconfitto. 

EPISODIO 12

TITOLO: Il valore di un miracolo... - She said, "Don't make the others suffer for your personal hatred."

La scena iniziale di questo episodio è prodotta da un sogno di Misato, che ripensa al Second Impact e al padre, che si era sacrificato per salvarla: è la prima volta in tutto l'anime che vengono mostrate scene tratte da quell'evento di 15 anni prima. Toji, Kensuke e Shinji, bagnati fracidi (fuori piove), entrano in casa di Misato per cambiarsi. Shinji avverte gli amici di far piano, e di non disturbare Misato, che in quei giorni aveva dormito pochissimo per lavoro. Infatti, Misato aveva ricevuto una promozione, e ora era divenuta Maggiore (prima era Capitano): di questo si accorge Kensuke, che nota il fatto che le nastrine sul colletto di Misato sono diventate due. In serata, viene svolto un test di armonizzazione tra piloti e gli Eva: Maya fa i complimenti a Shinji, dato che il suo livello armonico è salito di ben 5 punti. Dopo la scena si sposta in casa di Misato, in sala da pranzo, dove tutti i ragazzi le fanno i complimenti per la promozione e bandiscono un piccolo festino. Alla fine arrivano anche Kaji e Ritsuko, e nel discorso, Shinji scopre  che il padre e Fuyutsuki si sono recati al Polo per delle ricerche. La scena si sposta in Antartide, dove Gendo e il suo braccio destro osservano il prodotto del Second Impact: un mare di Morte e Distruzione. Ma alla Nerv è stato trovato un altro Angelo, che si avvicina a Neo Tokyo-3. La sua arma è lanciare pezzi del suo corpo dalla stratosfera, che diventano estremamente distruttivi usando l'A.T. Field. Misato ha un piano, in cui tutti e tre gli Eva devono collaborare e lavorare in sincronia: la missione è molto pericolosa, e la donna promette ai ragazzi una cena mega-galattica come premio. I tre Eva partono insieme, allo "start" di Shinji. Il ragazzo arriva per primo sotto l'Angelo (che si sta gettando contro Neo Tokyo-3 per distruggerla con il suo A.T. Field) e lo blocca con il suo A.T. Field. Arrivano anche gli altri 2 Eva, e mentre Shinji continua a bloccare l'Angelo, Rei apre l'A.T. Field nel punto in cui si trova il nucleo, ed Asuka, lo distrugge con il suo Prog Knife. L'Angelo si affloscia per terra ed esplode, senza causare tanti danni, tranne alle unità Evangelion che si trovavano sotto di lui. Tornati alla base della Nerv, Misato si mette in contatto con Gendo, e chiede scusa se, per colpa sua, l'Unità 01 è stata lievemente danneggiata. Gendo la rassicura e poi, per la prima volta in tutto l'anime (e, temo, in tutta la vita di Shinji), si congratula con il ragazzo per l'ottimo lavoro svolto, il che riempie Shinji di orgoglio, e gli fa capire che era per sentire quelle parole che lui combatteva sull'Eva.